Монастир розташований на терасах Болдиних гір. Його формування розпочалось із заснування прп. Антонієм Печерським підземного монастиря у 1069 році. У 12 столітті над входом у печери було збудовано Іллінську церкву (єдиний однонефнй храм Київської Русі, що зберігся в наш час) . Монастир сильно постраждав від монгольських завоювань і був відновлений у1649 році за ініціативи чернігівського полковника С. Подобайла.
В 1679 року в результаті злиття двох монастирів утворився Троїцько-Іллінський монастир. 1677-1679 року на території монастиря було збудовано Введенську церкву (монастирську трапезну). 1679 року з ініціативи Лазаря Барановича було закладено Троїцький собор. Будівництво тривало до 1695. У 1775 році над входом в монастир була добудовано дзвіницю у 5 ярусів (58 метрів). Монастир переніс кілька пожеж.
У 1974-1985 роках було проведено реставрацію і відновлення в первісних формах стилю бароко.
| 
