Після того, як Чернігів 28 січня 1654 р. присягнув на вірність московському цареві Олексію Михайловичу, в основу управління було покладено давньоруську одиницю «полк», поділену на сот­ні. Полковим містом обрано Чернігів. Сотенними містечками – Нерезну, Городню, Любеч, Мену, Понорницю, Седнів, Сосницю та ін. Відбулось поєднання функцій військових та адміністра­тивно-судових у руках одних і тих же осіб. Хоча влада цивіль­на і військова відрізнялась. У селі над козаками начальник – отаман, над посполитими – війт, у місті – магістрат або ра­туша, в округах – сотник, полковник, гетьман.

Стосунки із центральним московським урядом складалися так: перш за все було обмежено право гетьмана налагоджувати ди­пломатичні зв'язки із ворожою Москві державою, пізніше – із будь-ким. Для оборони Чернігова поставлені воєводи з москов­ськими гарнізонами, котрі не мали права втручатися у місцеве управління.

У Чернігові з'явився воєвода і 1200 ратних людей, а з ними прибули московські збирачі податків і ті, хто робив перепис на­селення 1666 року. Мета перепису – оподаткування. Такі дії російського царя викликали невдоволення чернігівців. Гетьман Іван Брюховецький організував заколот з метою позбавитись воєвод. Багато з них загинуло. Чернігівський воєвода Толстой переховувався від козаків і міщан-нападників у верхньому ма­лому місті. Йому на допомогу прийшов Ромадановський, і вони двічі спалили Чернігів. Місто настільки постраждало, що його на сім років позбавили від сплати податків. Воєвода з ратними людьми залишився у Чернігові. Але було обумовлено, що в життя чернігівців воєвода не втручається, а лише керує військом.

Проте злагоди між чернігівськими полковниками і воєводами не було. Стосунки між ними постійно загострювались. Так, полковник Василь Многогрішний відібрав у московських війсь­кових можливість вільно користуватись водою, а сотник Леонтій Полуботок «занял на Стрижне плотиной под мельницу водяной проход».

А саме тут проходив річковий шлях для підвезення хлібних запасів до фортеці. У 1672 р. за наказом гетьмана Самойловича всі ці незручності, створені сотником Чернігівського полку Леонтієм Полуботком, були знищені.

Після отримання Черніговом Магдебурзького права, права на самоуправління (за клопотанням Б. Хмельницького перед ро­сійським царем Олексієм Михайловичем), поступово всі життє­во важливі функції перейшли до полковника. Хоча поруч із ним стояв воєвода. Стосунки Чернігівських полковників і міщан теж поступово загострювались. У 1657 р. гетьман Іван Виговський, отримавши безліч скарг, видав універсал, яким полковнику за­боронялось втручатися у діяльність місцевого суду. А 1660 р. гетьман Юрій Хмельницький своїм універсалом вимагав від пол­ковника не забирати у міщан домашніх тварин і горілку.

З Чернігівським полковником Дем'яном Многогрішним було домовлено, що козаки не порушать монополію продажу горілки, яка повністю знаходилась у руках міщан Чернігова. Це стосу­валося і російських військових. Таку угоду міщани уклали з Чернігівським воєводою Андрієм Васильовичем Толстим.

У 1722 році утворено Малоросійську колегію. Вона склада­лася із шести великоруських штаб-офіцерів на чолі із бригади­ром Вельяминовим. Колегія приймала скарги на місцевих уп­равителів, здійснювала нагляд за виконанням судових справ, за збиранням податків, видавала грошові виплати, допомагала козакам позбавитися утисків з боку старшини. Так здійснюва­лась ідея підкорити місцеву адміністрацію центральній москов­ській владі. Посаду полковника почали обіймати великоруські військові. У Чернігові таке призначення вперше отримав Михайло Богданов. Після нього Чернігівським полковником став Володимир Ізмайлов

Колегія проіснувала короткий строк, залишивши про себе недобру славу. Тут процвітали хабарництво, тяганина, інші негативні явища

Великоруські чиновники отримали на Чернігівщині маєтності, в яких встановили жорстокі кріпосницькі порядки. Так, відомий Олександр Меншиков всю Почепську сотню козаків перетворив на селян.

Непомітно влада Чернігівських полковників втрачала свою силу. За гетьмана К. Розумовського Чернігівський полк поділено на два повіти – Чернігівський і Менський. А по скасуванні Гетьманату Катерина II знову заснувала Малоросійську колегію, котра складалася із чотирьох великоросів і чотирьох малоросів. Головою Колегії імператриця призначила генерал-аншефа, графа П. О. Рум'янцева-Задунайського. Він отримав звання генерал-губернатора, фактично керував чернігівським краєм з 1782 до 1790 р.