Розкопки Гетьманської столиці розпочалися 1995 року. Нинішній сезон виявився найтривалішим: 63 дні поспіль працювали археологи у Батурині. Головною метою на цей рік було визначено продовження досліджень фундаментів Церкви Живоначальної Трійці та зовнішнього рову Цитаделі Батуринської фортеці, відновлення яких передбачено указом Президента України В.А.Ющенка від 21 листопада 2007 р. №1131/2007 "Про деякі питання розвитку Національного історико-культурного заповідника "Гетьманська столиця" та селища Батурин" Перший фрагмент кладки фундаментів Церкви Живоначальної Трійці у Батурині археологи виявили наприкінці серпня 2006 р. В ході робіт 2007 р. на території садиб № 5 та № 7 по провулку Центральному вдалося дослідити три напівкруглі вівтарні виступи - апсиди храму, фрагменти південної міжапсидної стінки, північної стінки основного об'єму храму та частково - північно-західний стовп. Для продовження вивчення головного храму гетьманського Батурина необхідно було знести згадані садиби. Це стало можливим завдяки особистій підтримці голови Чернігівської облдержадміністрації Хо-менка В.М. та голови Бахмацької райдер-жадміністрації Булаха М.М. Фінансову допомогу надали спонсори - СТОВ "Дружба-Нова" з смт. Варва (генеральний директор Гайдай С.А.) і ВАТ "Бахмацьке хлібоприймальне підприємство" (голова правління Булах І.М.), які викупили садиби для археологічних досліджень. У нинішньому польовому сезоні розкопки собору розгорнулись на площі близько 1000 кв. м. За п'ять днів технікою Чернігівського ШРУ-14 було знято й вивезено верхній шар ґрунту і археологи крок за кроком почали розчищати культурний шар та будівельне сміття в орієнтовному напрямку продовження фундаментів собору. Знахідки - цвяхи, скоби, уламки скляного і керамічного посуду та кахлів і т. д. - свідчать, що культурний шар над залишками споруди утворився на початку XIX - в XX ст. По всьому розкопу дослідники чи не постійно натрапляли на людські кістки. Це й не дивно, адже собор спорудили на місці міського цвинтаря. При будівництві було порушено ряд поховань попередньої доби, багато могил виявилися різною мірою прорізаними фундаментними ровами. Перепоховані купки кісток зустрічалися на різних ділянках досліджуваної площі. Загальна кількість поховань перевищує 150, але ця цифра ще не остаточна. Переважна частина їх з'явилася до побудови тут собору, деякі - у період його 16-річного функціонування, інших мерців поховали вже в руїнах. Небіжчиків покладено випростаними на спині, зі складеними на грудях чи животі руками, головою -на захід. У середині собору, перед південною апсидою, виявлено скупчення поховань дорослих і дітей: це було почесне місце троїцького погосту. Найнижче поховання найпевніше належить знатному небіжчику, якого поховали тут першим. Це був багато вбраний чоловік 30-40 років. Від його одягу залишилися застібки та фрагменти тканини. Найкраще у похованнях збереглися металеві ґудзики, доволі рідко зустрічалися металеві натільні хрестики. В поодиноких випадках траплялися й інші предмети - намисто, фрагменти кістяних виробів, монети, три металеві іконки; одна з них - двобічна золочена на мідній пластині - лежала на грудях жінки у шкіряному мішечку. Усю площу храму було відкрито до 24 серпня. Фундаменти собору збереглися дуже нерівномірно. В плані вони мають підпрямокутну триапсидну форму з напівкруглим фундаментом західної прибудови - притвору. Довжина храму становить 38,7 м, ширина - 24-25 м. Внутрішній об'єм споруди системою аркових склепінь був поділений на три поздовжні частини (нави) - центральну і дві бокові. Головна баня опиралась на чотири опорні стовпи -пілони. Два з них знаходились на окремих фундаментах, ще два були вмуровані в кладку вівтарної стіни. Діаметр підбанного простору сягає восьми метрів, тому ці стовпи утримували колосальне навантаження. Фасади собору, судячи з наріжних фундаментів півколон та пілястрів, були вишукано декоровані у стилі бароко - ключовому напрямку в українській архітектурі другої половини ХУІІ - середини ХУІІІ ст. Виявлені фундаменти собору Живо-начальної Трійці планується законсервувати і зробити доступними для огляду, а над ними відновити цю споруду як взірець мурованого будівництва гетьманської доби. Найближчим аналогом батуринського Троїцького собору був Вознесенський храм однойменного монастиря у Києві, ігуменею якого довгий час (1688-1707 рр.) була Марія Магдалина - мати гетьмана І.Мазепи. Вознесенський собор також не зберігся, але є його зображення, з якого можна судити про зовнішній вигляд обох храмів. Зовнішній рів Цитаделі Оборонна система батуринського дитинця-цитаделі, закладена поляками у другому десятилітті ХУІІ ст., за гетьманської доби була ґрунтовно поновлена. В останній третині ХУІІ ст. починається будівництво нових укріплень, що в південному напрямку були ширшими за старі. Укріплення гетьманської резиденції складалися з сухого рову, який з двох боків виходив на глибокі яри, земляного валу та острожної стіни. У створі валу були чотиригранні рублені башти: одна проїзна та три глухі. В'їзну башту з містом з'єднував міст. Знищення Батурина на початку листопада 1708 року поклало край і функціонуванню ліній оборони Цитаделі. Дерев'яні конструкції були спалені, вали осунулися, а рів з часом заплив намивним ґрунтом. Про існування тут гетьманської резиденції "забули" майже на 300 років. Археологічні дослідження оборонних споруд Цитаделі проводились в 1996 та 2006 роках. А нині, в рамках її відбудови, було передбачено і повне відновлення оборонного рову. Разом з археологами працювали будівельники, які з допомогою техніки вибирали та вивозили верхню частину заповнення рову і відвал. В ході розкопок було встановлено, що конфігурація зовнішнього рову Цитаделі складається з двох паралельних стінам прямих ділянок, які сходяться біля мосту. Глибина рову на різних ділянках сягає 77,5 м, ширина - 11 м. У нижній його частині дослідники виявили дерев'яні колоди і бруси різної довжини і товщини, якими гетьманські будівельники щільно обклали відкоси рову. Внутрішній ряд укріплень рову, який утримував вагу валу і стіни, був складений з нового дерева. А ось на зовнішньому ряду, що повинен був лише запобігати оповзанню ґрунту, будівельники зекономили, використавши бувший у вжитку матеріал. Було знайдено і опори (палі) мосту. Вони являють собою масивні дубові колоди, впущені в трасу рову навпроти в'їзної брами. Деревина, яка тривалий час зберігалась у перезволоженому ґрунті без доступу повітря, набрякла, але не втратила своєї форми та структури. У заповненні рову виявлені предмети періоду його функціонування: топорище, кілька глиняних люльок, розколотий кістяний предмет, рукоятка пліті, фрагмент шкіряного взуття. Та найбільше речей пов'язаних з руйнуванням і занепадом Цитаделі після трагедії 1708 р.: обвуглені колоди, фрагменти кахлів, керамічного і скляного посуду, невелике ядро, замок рушниці, тощо.
