Найбільш давньою і авторитетною єпархією на Лівобережжі, що за своїми характеристиками мало поступалася Київській і родовід якої сягає Володимира Великого та його синів Ярослава й Мстислава, була Чернігівська єпархія. У XVIII ст. вона виступила незалежною від київського митрополита, прямо підпорядковуючись Москві - патріархові, місцеблюстителеві, а згодом - Синодові.
По висвяченню на київську кафедру митрополита Гедеона Четвертинського, один з найенергійніших архієреїв Чернігівської єпархії - архієпископ Лазар Баранович (1657-1693 рр.), посилаючись на труднощі церковного спілкування з Константинополем і власне нездоров'я, утиски з боку гетьмана І. Самойловича та митрополита Гедеона Четвертинського, попросив московських царів, патріарха Іоакима взяти його "зі всією єпархією" під своє благословення. Для себе й своїх наступників Л. Баранович просив здійснювати посвячення "не від Києва, а від першопрестольної і соборної церкви, матері церков, що головує нині в усій Росії"", тобто від Москви.
Прагнення архієпископа чернігівського позбутися близького й подвійного підпорядкування (до патріарших грамот додавались митрополичі) відповідало зацікавленості московських царів розширити в такий спосіб територію своєї юрисдикції та водночас ослабити Київську митрополію. В жалуваній грамоті царів Іоана, Петра І та царівни Софії від 24 червня 1688 р. вже твердилося, що "єпископія Чернігівська з-під благословення патріархів московських неправильно до Києва була відлучена". До того ж, говорилося в грамоті, Чернігівська єпархія з часів царя Олексія Михайловича - архієпископія (з 1667 р.), а за правилами святих отців під владою митрополита (у даному разі - київського) можуть бути тільки єпископи, а не архієпископи. Це виглядало переконливим аргументом, хоч на практиці дане правило не раз порушувалось. У цій же грамоті визначалися межі єпархії, що включала в 1688 р. Борзненську, Глухівську, Конотопську, Менську, Новгородську, Стародубську та Чернігівську протопопи.
Єпархія була відома своїми стародавніми церквами, монастирями: чернігівськими Єлецьким Успенським, (XI ст.), Свято-Троїцьким Іллінським (XI ст.),
Борисоглібським (XIII ст.), глухівським Петропавлівським (XIII ст.), батуринським Миколаївським (XVI ст.) та ін. З 40-х рр. XVII - початку XVIII ст. тут постали мокошинський Покровський (1640 р.), новгород-сіверський Спаський (1650 р.), Пустинно-Рихлівський Миколаївський (1666 р.), глухівський Успенський (1670 р.), Домницький Різдва Богородиці (1696 р.) та інші монастирі.
Це був час, коли в монастирях формувалися й діяли не лише церковні, а й суспільно-політичні, культурні, наукові діячі рівня архієпископа Л. Барановича, архімандрита Єлецького монастиря, автора "Ключа розуміння" Іоаникія Галятовського, творця Четьїх Міней святителя Димитрія Ростовського (Туптала), архієпископа чернігівського, святителя Феодосія Углицького. Саме завдяки діячам такого рівня Чернігівська єпархія почала з другої половини XVII ст. повертати собі минулу славу, авторитет і вплив. Тривале володарювання чужинців на чернігівських землях довело до того, що одна з найстаріших кафедр у Київській Русі втратила єпископію (парафіями управляв смоленський архієпископ), а перші після відновлення кафедри архієреї змушені були жити й "годуватись" то в Києві (Зосима Прокопович), то в Новгороді-Сіверському (Лазар Баранович). Архієпископ Лазар у листі до патріарха Іоакима писав про "крайнє запустіння" навіть знаменитого Єлецького монастиря - що вже говорити про менш імениті обителі чи парафіяльні церкви. За його оцінкою, "всі
галузі єпархіального управління в повному розладі через безперервні смути і потрясіння в Малоросії...".
Але у XVIII ст. Чернігівська архієпископія виступила вже в почесному ранзі першої серед архієпископій у Російській державі, з багатим досвідом організації церковного життя, освіти, книгодрукування. Хоч залишилося й багато проблем: відродження справжньої, а не лише обрядово означеної релігійності серед парафіян, подолання католицького впливу єзуїтів, домініканців, відновлення церков та монастирів, їх маєтностей (Чернігівщина і Новгород-Сіверщина постраждали як від чужинців, так і від козацтва І. Брюховецького, П. Дорошенка) та ін. Місцеперебування гетьманської столиці в Батурині, тобто в межах єпархії, позитивно позначалося на чернігівських парафіях: завдяки меценатству гетьмана І. Мазепи, військової старшини було побудовано, відновлено й обладнано низку соборів, церков, монастирів, що й сьогодні займають непересічне місце в церковно-культурній скарбниці України. У XVIII ст. чернігівські, новгород-сіверські церкви, монастирі відзначались витонченістю культової архітектури, високим рівнем внутрішньоцерковного оздоблення, іконопису, церковного співу тощо.
На зламі XVII - XVIII ст. чернігівську кафедру посідав Іоан Максимович (1697-1711 рр.). Родом із сім'ї заможного ніжинського шляхтича, він отримав по тих часах солідну освіту в Чернігові, Києво-Могилянській колегії, де вчився в одному класі з Данилом Тупталом - майбутнім митрополитом Димитрієм Ростовським, першим святителем православної церкви синодального періоду. Як людина освічена й ерудована І. Максимович був у складі українського посольства до царя в 1678 р.
З іменем ієромонаха брянського Успенського (Свенського) монастиря Іоана Максимовича, де він був намісником у 1681-1696 рр., пов'язаний цікавий епізод, що досить виразно показує відмінності між українською й російською церковними традиціями того часу. Брянський монастир, заснований чернігівським князем Романом 1288 р., царською грамотою 1681р. був приписаний до Києво-Печерської лаври, отримавши ще одну назву -Новопечерського. У 1682 р. келар монастиря з кількома ченцями написали до Москви скаргу на призначеного з Києва намісника Іоана, де звинуватили його в прийманні до монастиря "невідомо яких людей польської й черкаської (тобто української) породи". Крім того, зазначалося в листі, намісник перешив церковний одяг на київський кшталт, "а московські ризи й стихарі в ніщо поставив", хоч вони були "від государевого подаян-ня". Скаржники повідомляли, що Іоан навіть келії перебудував "за своїм звичаєм". Однак український характер монастирських змін тоді ще, очевидно, особливо не турбував царів - після ревізії, учиненої царем за скаргою, І. Максимович пробув намісником ще більше десяти років. Згодом він, архімандрит чернігівського Єлецького Успенського монастиря, був висунутий духовенством, міщанами, довіреними особами гетьмана на керівництво чернігівською кафедрою.
За поданням гетьмана І. Мазепи в 1697 р. московський патріарх хіротонізував І. Максимовича в єпископа чернігівського. За іронією долі й за наказом Петра майже через 12 років архієпископові Іоану разом з іншими ієрархами довелося в Глухові взяти участь в анафемствуванні свого поручителя І. Мазепи.
Чотирнадцять років перебування І. Максимовича на чернігівській кафедрі були позначені рядом новацій, турботою про будівництво церков, поширенням проповідництва, особистим подвижницьким життям. З його іменем церковна історія пов'язує заснування Чернігівської духовної семінарії (колегіуму), де могли отримати освіту діти не лише духовенства, але й дворян, козаків, міщан. Іоан Максимович - автор кількох церковно-духовних творів. У 1711 р. (за іншими джерелами - у 1712 р.) за наказом Петра І архієпископ Іоан був призначений митрополитом тобольським і всього Сибіру. В 1916 р. православна церква зарахувала святителя Іоана, митрополита тобольського, до сонму своїх святих.
Його наступниками на чернігівській кафедрі стали архієпископи Антоній Стаховський (1713-1721 рр.), Іродіон Жураковський (1722-1733 рр.). Аналізуючи діяльність цих та інших ієрархів на стародавній кафедрі, не можна не констатувати, що з часів Гадяцького договору (1658 р.), коли значна частина українського духовенства в надії отримати всі стародавні привілеї, присягла польському королю й відмовилася від підлеглості московському цареві, серед ієрархів, духовенства Чернігівщини майже не зустрічаються діячі, які б прагнули відстояти колишню автономію української церкви, відверто чинити опір самодержавній політиці уніфікації, русифікації, вилученню національно-регіональних особливостей церковно-обрядової практики в Україні. Надто спокусливою для багатьох виявилася тактика, обрана свого часу Л. Барановичем: стояти на боці московських царів і патріархів, слухняно виконувати їх розпорядження (навіть якщо вони суперечили позиції українських гетьманів, інтересам церкви, парафіян), і тоді підтримка, захист, а з ними й привілеї, почесті будуть забезпечені. Пригадаймо: з українських ієрархів тільки Л. Баранович був запрошений на Московський собор 1665 р., на якому відбувся суд над патріархом Никоном. Саме після цього Чернігівська єпархія стала архієпископією, до того ж першою в Російській державі, з царської руки щедро наділена маєтками. її архієпископові було дароване почесне право облачатися в сакос. Щоправда, за таке смирення доводилося інколи терпіти від гетьманів, козаків, але в цілому така позиція себе виправдовувала: швидко відновлювались, упорядковувались старі й будувались нові церкви, монастирі, множились маєтки із селянами, угіддя, здобувались нові права й привілеї, не переводились щедрі жертводавці. З відстані майже трьох століть це сприймається не лише як благо для єпархії, але і як досить відверта плата самодержавної церкви за відмову українського духовенства від прагнень незалежної від Росії православної церкви.
