Кінець XVIII ст. видався надзвичайно багатим на історичні події. Не залишили вони осторонь і церковного життя українських земель. Суттєво змінилися межі православних єпархій.
Сталися зміни і в архієрейському складі. Якщо за Катерини II не лише більшість архієреїв України, але й петербурзький, московський, казанський, крутицький та інші впливові владики були "малоросами", то в подальшому становище кардинально змінилося. На чернігівську кафедру в XIX ст. ще подеколи призначали українців, але в Києві аж до XX ст. митрополитами були виключно уродженці великоросійських губерній. Імперська політика призводила до парадоксів не лише в державному, але й церковному житті.
Наприклад, російські владики в Прибалтиці чи Грузії вивчали або принаймні цікавилися мовами місцевих народів. А київські архієреї другої половини XVIII - першої третини XIX ст. завжди добре знали польську. "Спотвореної полонізмами російської мови", котрою, на думку влади, розмовляли українці, вивчати потреби не було. Набагато нагальнішою була необхідність у засвоєнні з місіонерською метою мови народу, що сповідував католицизм.
Ієрофей Малицький увійшов в історію як останній київський митрополит українського походження часів Російської імперії. Проте не менш цікавим був і перший - чернігівський період його архієрейської діяльності. На жаль, про початок його життя до нас дійшли неповні й суперечливі свідчення. Відомо, що народився Ієрофей у Чернігові, першим, мирським його іменем було Іоаникій. З'явився майбутній владика на світу 1727 р. Довгий час церковні історики неправильно називали місце навчання Ієрофея. Так, митрополит Євгеній Болховітінов писав, що це була чернігівська семінарія, а Філарет Гумілевський вважав, що Ієрофей навчався в Києві. Ясність внесла публікація одного синодального документа у київському єпархіальному віснику. Це джерело переконливо засвідчило, що майбутній архієрей здобував освіту у Воронезькій семінарії.
Після цього Ієрофей Малицький став ігуменом Домницького Різдвяного монастиря, що знаходився за 35 верст від Чернігова. Діяльність настоятеля була надзвичайно плідною. За 10 років збудовано новий кам'яний храм, а монастир обнесено огорожею. З'явилися й нові господарські будівлі. Оновленню чернігівської святині неабияк допомогло знайомство Ієрофея з батьками могутнього канцлера Катерини II Олександра Андрійовича Безбородька, які стали чи не найбільшими меценатами монастиря.
Успіхи І. Малицького на цій посаді привернули увагу єпархіальної влади, і в 1772 р. він стає намісником архієрейського Борисоглібського монастиря, а в 1786 р. - першим ректором Чернігівської семінарії, яку в короткий термін перетворює з "училищного колегіуму" на справжній духовно-навчальний заклад. Незабаром постало питання про обрання нового чернігівського архієрея. Незважаючи на конкуренцію видатних кандидатів - таких, наприклад, як відомий мінський архієпископ Віктор Садковський, 28 жовтня 1788 р. за допомогою протекції О. Безбородька Катерина II призначила на цю посаду І. Малицького.
Проте милість імператриці виявилася нетривалою. Вже через два роки у зв'язку з переданням монастирських маєтків у відомство казенної палати нововисвяченому архієпископу зі свитою наказано виселитися за межі Чернігова. Владиці довелось оселитися у заштатному Троїцькому монастирі, де перед цим планувалося відкрити університет. Оскільки наміри в Катерини II швидко змінювалися, то замість навчального закладу тут до 1806 р. розміщувалася резиденція чернігівських архієпископів. Архієрейський дім у Чернігові, розташований у фортеці, зайняли цивільні органи влади. У цей час з міста виселено й духовну дикастерію, для якої Ієрофей змушений був терміново збудувати два будинки під стінами Троїцького монастиря. Владика, очевидно, не ображався на владу й залишив по собі добру пам'ять у Чернігівській єпархії.
Він, зокрема, опікувався кафедральним Преображенським собором - одним із найдавніших храмів України, збудованим ще сином рівноапостольного Володимира - Мстиславом. Уже тоді він брав участь у боротьбі з унією, посилаючи в Білорусію та Україну православних священнослужителів, монахів, освячене миро та антимінси.
А незабаром Ієрофею Малицькому судилося безпосередньо зіткнутися з уніатською церквою як митрополиту київському. В січні 1796 р. зі смертю владики Самуїла виникла потреба у компромісній кандидатурі на митрополичу кафедру. Потрібен був архієрей, знайомий із реаліями церковного життя після скасування унії на Київщині й водночас чутливий та покірний коливанням імператорської політики. Чудові адміністративні якості, виявлені владикою Ієрофеєм на чернігівській архієпископській кафедрі, сприяли ухваленню його кандидатури. У перший день квітня 1796 р. він став київським митрополи¬том. Після порівняно спокійного життя на Лівобережжі в Києві перед вчорашнім чернігівцем постав цілий ряд надзвичайно складних проблем.
