Засновані Антонієві Печери в 1069 році преподобним Антонієм Печерським із Любеча. Спочатку мали назву Богородицький монастир. Цьому сприяв чернігівський князь Святослав. Розвиток монастиря припадає на 1239 рік, коли Чернігів був зруйнований татаро-монголами. Про що свідчить пробудження на початку XII ст. біля входу до печери мурованої Еллінської церкви. Потім відбувся занепад до XVI ст. Відбудова монастиря почалася у 1649 році за кошти чернігівського полковника Степана Подобайла. Реставрація тривала до кінця XIX ст. На початку XXI ст. Антонієві печери мали довжину близько 350. Глибина печер коливається від 2 до 12 м. Усі підземні споруди знаходяться на двох основних рівнях. Геологічні умови дозволили будівельникам створити приміщення без додаткових кріплень і забезпечити їх довговічність. На окремих стінах збереглись написи. Особливий інтерес викликає нижній ярус печер. Ця ділянка розташована на схід від вівтаря церкви Феодосія Тотемського і має довжину 100 м. Інша ділянка розташована на другому ярусі між церквами Феодосія Тотемського і Миколи Святоші. У XVIII—XIX ст. була перебудована значна кількість комунікацій, унаслідок чого печери втратили свій первісний вигляд. Тоді облицювали цеглою три підземні церкви. Церква Феодосія Тотемського стала головною церквою підземного комплексу і найбільшою церквою на Лівобережній Україні. Церква мала розміри в нартексі -8,5 м, довжину -15,5 м. Дві інші підземні церкви монастиря Св. Антонія Печерського: довжина -11,7м, ширина -4 м, висота -4,5 м; Св. Миколи Святоші: довжина -12 м, найбільша ширина-2,32 м, висота-2,68 м. Велика вологість недавала можливість мати в церкві дерев'яні іконостаси. Вони були замінені мурованими стінами з металевими іконами на них. Царські врата зроблені з металу (збереглися в церквах Антонія та Феодосія). Святинями Антонієвих печер вважаються келія Антонія Печерського та гробниця з кістками ченців, убитих у 1239 році монголами.
