Катерининський указ 1764 р. про секуляризацію маєтностей, монастирів, церков, архієрейських домів загалом України не стосувався. Суттєві зміни на українських землях, і зокрема на Чернігівщині, розпочалися в січні 1782 р. з відкриттям Київського, Чернігівського та Новгород-Сіверського намісництв, скасуванням адміністративно-полкового і сотенного поділу. Указом Катерини II від 3 травня 1783 р. заборонялися вільні переходи селян. Українська старшина отримала права, вольності й привілеї, тотожні російському дворянству.
У березні 1785 р. межі Чернігівської єпархії наказано привести у відповідність до меж намісництва, а на території новоствореного Новгород-Сіверського намісництва заснувати спеціальну єпархію. У зв'язку із цим до неї відійшла частина протопопій Чернігівської єпархії. До нової єпархії була приєднана значна частина ліквідованої в цьому ж році Переяславської єпархії. Сюди на церковну службу, в тому числі в новоорганізовану тут духовну семінарію, перейшла чимала кількість переяславського духовенства, ченців. Першим й останнім главою нової кафедри з титулом єпископа новгород-сіверського і глухівського став колишній переяславський єпископ Іларіон. Місцем перебування новгород-сіверської кафедри було обрано Спасо-Преображенський монастир.
Указами 1786 р. маєтності монастирів, церков, архієрейських домів Чернігівського. Новгород-Сіверського намісництв передавалися в державне відомство ("відомство директорів домоводства"). На утримання монастирів й архієрейських домів державою виділялися згідно з указами певні кошти, обсяг яких залежав від класу об'єктів. Духовними штатами монастирі обох намісництв подіялися на три класи або ж підлягали виведенню за штат і перетворювались у парафіяльні церкви, навчальні, лікувальні заклади тощо. До І класу був віднесений чернігівський Єлецький Успенський монастир, до II - ніжинський Благовіщенський, до III - чоловічий Домницький Різдва і жіночий ніжинський Введенський. Чернігівський Троїцький Іллінський монастир передбачалося зробити місцеперебуванням майбутнього університету, жіночий П'ятницький - головного народного училища Чернігівського намісництва.
Новгород-Сіверська кафедра за сумою коштів на утримання прирівнювалася до архієрейських домів III класу. Глухівський Петропавлівський і гамаліївський Харлампіївський монастирі цієї єпархії віднесено до II класу (останній у 1799 р. через ветхість ліквідовано), а батуринський Миколаївський - до III. З жіночих монастирів указано залишити лише один.
Втрачені церквою, монастирями маєтки згодом, по суті, компенсувалися новими жалуваннями: землями з кріпаками, лісами, рибними ловлями, млинами. З 71 монастиря на Лівобережній Україні згідно з духовними штатами 1786 р. ліквідовано 26, тобто 37 %. хоч незабаром кількість монастирів тут знову почала зростати. Частина монастирів (у Чернігівській єпархії це максаківський Никодимівський, Пустинно-Рихлівський Миколаївський, козелецький Богословський), визначених спочатку до ліквідації, згодом була переведена в статус заштатних - на своє утримання.
Статистичні документи, підготовлені у зв'язку з майбутньою секуляризацією церковно-монастирських маєтностей, дають можливість оцінити обсяги останніх до і після 1786 р. Так, чернігівський Єлецький монастир до царських указів мав орної землі на 1098 четвертин посіву, сінокосів, з яких збиралося 11 тис. кіп сіна. На монастирських землях працювали 1330 тільки селян-чоловіків. У власності монастиря було 10 млинів. 14 рибних озер, кілька площ із будівельним лісом. Після 1786 р. монастиреві щорічно виділялася сума в 2317 крб. асигнаціями, а за коригуючим указом 1797 р. - 1475 крб. 50 коп., або ж у перерахуванні на срібло - 1114 крб. 39 коп. Для потреб монастиря було залишено 150 десятин землі й 2 озера.
Унаслідок введення штатів у Новгород-Сіверській єпархії 15 монастирів було закрито і перетворено на парафіяльні церкви, яким залишено мінімум церковного майна - решту передано до Спасо-Преображенського (Спаського) монастиря, де розмістилася кафедра. Оскільки монастир перебував у жалюгідному стані, було прийнято рішення про будівництво нової Преображенської церкви - потрібну суму пожалувано з державної казни. Зазначимо, що Спасо-Преображенський монастир до бідних не належав.
З опису, підготовленого Малоросійською казенною палатою в 1786 р., видно, що монастир володів 14 селами (не рахуючи дрібних), де на нього працювали 2920 тільки селян-чоловіків. Орної землі він мав на 1390 четвертин посіву, сінокосів - на 30 тис. кіп, садів - 50, городів - 550, озер - 68, млинів - 12, винокурень - 5. Крім цього, йому належали пасіки, цегельний завод та завод по виробництву паперу. Все це давало монастиреві немалий прибуток. Залишається тільки дивуватися, чому за такої матеріальної бази новоприбулий єпископ Іларіон застав монастирський комплекс у занедбаному стані. Забігаючи наперед зазначимо, що через чотири десятиліття Спасо-Преображенський монастир уже знову мав рільної землі, лісів, лук, озер площею понад 600 десятин.
Закінчення будівництва соборної Преображенської церкви (без внутрішнього оздоблення) збіглося з ліквідацією Новгород-Сіверської єпархії (1797 р.) і приєднанням її до Чернігівської. Єпископа Іларіона було направлено на могилівську кафедру, службовців дикастерії - в Чернігівську та Переяславську консисторії, а ризницю повернуто до Переяслава, звідки свого часу її взято. Оновлений новгород-сіверський Спасо-Преображенський монастир уже в складі Чернігівської єпархії віднесено до І класу.
Указом 1799 р. Чернігів разом із десятьма повітовими містами: Козельцем, Ніжином, Сосницею, Конотопом, Ромнами, Глуховом, Новгородом-Сіверським, Стародубом і Мглином, а також 1484 церквами складали тепер Чернігівську єпархію II класу.
