Селище (нині місто Батурин) засноване на початку XVII століття. У документах згадується в 1625 році у зв'язку зі спорудженням Батуринської фортеці, як польського укріплення. Назву селища пов'язують з ім'ям польського короля Стефана Баторія. Можливо, топонім походить від слова "батура", що означає вежа, укріплення. Дослідник І.Родаченко вважає, що топонім пішов від прізвиська запорізького козака Батури, який першим поселився в цих місцях. З 1648 року Батурин був центром сотні Чернігівського, а з 1649 року - Ніжинського полку. В 1654 році Батурин отримав статус міста з магдебурзьким правом, магістратом.
Під час Північної війни місто в 1708 році військами О.Меншикова знищено, гетьманську резиденцію за наказом Петра І перенесено до Глухова. З 1727 року Батурином відала казенна палата. У 1760 році Батурин подаровано К.Розумовському. До того в 1740 році в місті засновано кінний завод гвардії кавалерійського полку.
У 1751-1752 роках у Батурині побудовано цегельний завод як мануфактурне підприємство.
У 1756 році К.Розумовським у Батурині побудовано суконну мануфактуру, яка в 1803 році перейшла до його сина А.Розумовського.
Також у Батурині були збудовані: в 1770 році - цегляний млин на греблі, в 2-й половині 18 століття - завод по виготовленню кахлів, в 1757 році - фабрику по виготовленню свічок (переробляла 400 пудів воску). В 1772 році К.Розумовський поблизу Батурина заклав шовковичний сад. Цим було започатковано розведення тутових шовкопрядів ш Чернігівщині.
У 2-й половині 18 століття була відкрита лікарня, збудована на кошти гетьмана Лівобережної України К. Розумовського, розрахована на 15 ліжок. Згодом передане Приказу громадського піклування. Тривалий час це була єдина сільська лікарня на Україні.
У кінці XVII - на початку XVIII століття в Батурині було зведено будинок Кочубея. У 1975 році в будинку Кочубея відкрито Батуринський історико-краєзнавчий музей. На замовлення Розумовського на околиці міста за проектом архітектора Ч. Камерона створювався великий палацово-парковий комплекс. Зберігся головний корпус палацу, частково реставрований 1911-1913 роках за проектом архітектора А.Є. Білогруда.
У 1803 році була споруджена Воскресенська церква в стилі ампір. Збереглися ковані двері початку XIX століття. За переказами, на місці Воскресенської церкви стояла башта, так званий стовп Мазепи. Вірогідно, це були залишки стародавнього Троїцького храму, зруйнованого військом Меншикова у 1708 році. За наказом Розумовського башту нібито було розібрано, а з цегли побудовано Воскресенську церкву, де його і поховано (збереглися фрагменти надгробка роботи скульптора І.П. Мартоса).
З 1782 року Батурин стає центром волості Конотопського повіту Новгород-Сіверськогс намісництва, а з 1802 року - Чернігівської губернії.
У 1866 році у Батурині налічувалося 384 двори з населенням 2580 жителів. У 1897 році - 939 дворів з населенням 5091 житель.
У кінці XIX століття Батурин був одним із торгових центрів Чернігівщини. З Батурином пов'язана діяльність у 1891 році одного з організаторів перших марксистських гуртків у Росії і в Україні Ю.Д. Мельникова. Під час революції 1905-1907 років проходили антиурядові вис¬тупи. Радянську владу встановлено в січні 1918 року. У 1919 році в Батурині виникла Батуринська земельна комуна імені Леніна, а в березні 1919 року діяв пролетарсько-селянський клуб імені Паризької Комуни. З 1923 року Батурин одержав статус села і став центром Батуринського району (до 1962 року). У 1920 році відкрито клуб імені Леніна, наступного року - лікарню, хату-читальню, бібліотеку, утворено сільськогосподарську артіль імені Сталіна.
У довоєнні роки в Батурині діяли машинно-тракторна станція (1932 рік), конеплезавод (1932 рік), маслозавод (1935 рік), електростанція (1934 рік), середня школа (1933 рік), неповна середня школа (1937 рік), кінотеатр (1934 рік). Жертвами Голодомору стали 107 осіб. З початком Великої Вітчизняної війни в Батурині створено винищувальний батальйон. З 9 вересня 1941 по 6 вересня 1943 року село було окуповане німецькими фашистами. З 1960 року Батурин отримав статус селища міського типу
В післявоєнний період на території Батурина діяли колгосп "XXI партз'їзд", цегельний і льонозавод, два лісництва. В 1970 році до Батурина було підведено газопровід і проведено по його території водогін. Було побудовано: АТС, відділення зв'язку, автостанцію, філіал Бахмацької музичної школи, Будинок піонерів, Будинок культури на 400 місць, 3 бібліотеки, клуб юних художників "Райдуга", історико-краєзнавчий Батуринський музей.
Нині в Батурині діють: сільськогосподарське підприємство TOB "Батуринське", сервісно-комунальне підприємство "Мрія", ЗОШ І—III CT., ДИТЯЧИЙ садок, філія Бахмацької школи мистецтв, Будинок культури, бібліотека, загальноосвітня спеціальна школа-інтернат, районна лікарня (5 ліжок), Воскресенський храм УПЦ МП, Покровський храм УПЦ КП.
У Батурині встановлено пам'ятники: українському вченому-бджоляру П. Прокоповичу (1975 рік), пам'ятник Герою Радянського Союзу М.В. Кадуну (1954 рік). У 1975 році встановлено пам'ятний знак воїнам-землякам, які загинули в роки Великої Вітчизняної війни. Пізніше пам'ятний хрест та низка інших скульптурних композицій.
Постановою Кабінету Міністрів України від 14 червня 1993 року № 445 комплекс пам'яток Батурина оголошено державним історико-культурним заповідником Гетьманська столиця", що стало першим кроком у відновленні історичної справедливості щодо Батурина. Загальна площа території заповідника "Гетьманська столиця" сягає 57,5 га. До складу заповідника увійшло 39 об'єктів - унікальних пам'яток історії, архітектури та природи.
Найвизначнішими з них є: будинок Генерального Суду, Воскресенська церква-усипальниця К. Розумовського, Батуринський Миколо-Крупицький монастир, палац К. Розумовського.
Відомими уродженцями Батурина є член-кореспондент АН УРСР А.А.Чухно, скульптор О.В. Ситник. Уродженцю Батурина М.В. Кадуну, присвоєно звання Героя Радянського Союзу.
